Le M23 a développé depuis 2023 deux axes distincts d'alliances avec des groupes armés congolais, l'un en province de l'Ituri au nord-est et l'autre au Sud-Kivu, lui permettant de projeter son influence au-delà de sa zone de contrôle directe dans le Nord-Kivu, selon un rapport publié en avril 2026 par le Congo Research Group (CRG) et le Center on International Cooperation (CIC) de l'Université de New York.
En Ituri, le M23 et l'AFC ont établi des liens avec deux groupes armés : l'Auto-défense des communautés victimes de l'Ituri (ADCVI), également connue sous le nom de Zaïre, et la Convention pour la révolution populaire (CRP) de Thomas Lubanga. Ces connexions reposent en partie sur des liens historiques entre certains commandants. Au milieu de 2023, Logo Marine, l'un des commandants de Zaïre, a envoyé une cinquantaine de combattants se former dans le camp du M23 à Bunagana. En mars 2024, le coordinateur de l'AFC Corneille Nangaa s'est rendu en Ouganda pour rencontrer les dirigeants de Zaïre, dont Logo Marine, puis Thomas Lubanga. Innocent Kaina, ancien commandant influent du M23 disposant de réseaux étendus en Ituri, a joué un rôle central dans la facilitation de ces liens. En octobre 2024, le Groupe d'experts des Nations unies estimait que 1 000 combattants originaires de l'Ituri avaient été formés dans les camps du M23. En 2025, des attaques dans le territoire de Djugu impliquaient des combattants récemment revenus du camp d'entraînement de Tchanzu.
Au Sud-Kivu, l'alliance avec le Twirwaneho, groupe armé issu de la communauté banyamulenge, a été plus laborieuse à construire. Le processus a débuté en 2023, avec comme intermédiaire clé Charles Sematama, ancien aide de Laurent Nkunda et cadre du Twirwaneho, qui servait de liaison directe avec Sultani Makenga. Le chef du groupe, Michel Rukunda, dit Makanika, est resté initialement réticent, en raison de préoccupations liées à la légitimité locale du mouvement et à sa dépendance envers les communautés banyamulenge. Ce sont finalement les pressions de membres de la diaspora banyamulenge et les attaques répétées contre la communauté par d'autres groupes armés congolais qui ont conduit le Twirwaneho à rejoindre formellement le M23 en 2024.
Le rapport souligne la portée historique de ce ralliement. Depuis la rébellion du Rassemblement congolais pour la démocratie (RCD) entre 1998 et 2003, les groupes armés issus de la communauté banyamulenge avaient maintenu une distance critique vis-à-vis de Kigali, estimant que le Rwanda avait instrumentalisé leur communauté lors des guerres successives, aggravant leurs relations avec les autres Congolais. Des commandants banyamulenge influents comme Pacifique Masunzu et Richard Tawimbi avaient par le passé été ouvertement hostiles au Rwanda. Le sentiment d'abandon par Kinshasa face aux violences dans les hauts plateaux du Sud-Kivu a progressivement modifié cette posture.
L'intégration idéologique du Twirwaneho dans l'univers du M23 est désormais formalisée : depuis 2024, l'histoire de la lutte du Twirwaneho figure comme module à part entière dans le curriculum idéologique dispensé dans les camps de formation de l'AFC/M23, aux côtés de l'histoire du M23 et de la philosophie politique de la révolution AFC/M23/ARC.