Treize dirigeants militaires et politiques du M23 font l'objet de sanctions internationales prononcées par l'ONU, les États-Unis et l'Union européenne, certaines remontant à 2010, selon un rapport publié en avril 2026 par le Congo Research Group (CRG) et le Center on International Cooperation (CIC) de l'Université de New York.
Le chef d'état-major du M23, le général Sultani Makenga, est sous sanctions onusiennes, américaines et européennes depuis novembre et décembre 2012, pour violations graves du droit international humanitaire. Le général Baudouin Ngaruye, commandant du premier secteur opérationnel, et Innocent Kaina, figure influente du mouvement, font l'objet des mêmes trois régimes de sanctions depuis la même période. Le colonel Innocent Zimurinda, commandant du quartier général, est sanctionné par l'ONU depuis décembre 2010, par l'Union européenne depuis la même date, et par les États-Unis depuis janvier 2013.
Corneille Nangaa, coordinateur de l'AFC, a été sanctionné une première fois par les États-Unis en mars 2019 en tant que président de la commission électorale congolaise pour atteinte aux processus démocratiques, puis de nouveau en juillet 2024 pour son rôle à la tête de l'AFC. L'Union européenne l'a sanctionné en juillet 2024. Bernard Bisimwa, président politique du M23, a été sanctionné par les États-Unis en juillet 2024 et par l'Union européenne en mars 2025.
Cinq autres dirigeants ont été sanctionnés par l'Union européenne en mars 2025 : Désiré Rukomera, responsable du recrutement et de la propagande ; le colonel John Imani Nzenze, chef du renseignement militaire ; Jean-Bosco Nzabonimpa Mupenzi, responsable des finances ; Joseph Musanga Bahati, gouverneur du Nord-Kivu nommé par le M23 ; et Justin Gacheri Musanga, commandant de zone. Benjamin Mbonimpa, secrétaire général de l'AFC et beau-frère de Makenga, a été sanctionné par l'Union européenne en juillet 2024.
Willy Ngoma, ancien porte-parole et commandant militaire du M23, avait été sanctionné par l'ONU en février 2024 et par l'Union européenne en avril 2024. Il a été tué le 24 février 2026 dans une frappe de drone près du site minier de Rubaya, au Nord-Kivu.
Le 2 mars 2026, les États-Unis ont franchi un cap supplémentaire en sanctionnant les Forces de défense rwandaises en tant qu'institution, en plus de quatre officiers supérieurs des RDF, dont le général Mugangu Mubarak, commandant en chef des forces rwandaises. Cette mesure, jugée exceptionnelle par le rapport, vise à accroître la pression sur Kigali dans le cadre des négociations de paix.