Le M23 est traversé par trois lignes de fracture distinctes : entre le mouvement et son principal soutien rwandais, entre ses deux principaux commandants militaires, et entre son aile militaire et sa structure politique, l'Alliance Fleuve Congo (AFC), selon un rapport publié en avril 2026 par le Congo Research Group (CRG) et le Center on International Cooperation (CIC) de l'Université de New York.
La relation entre le chef d'état-major du M23, le général Sultani Makenga, et Kigali est décrite comme structurellement ambivalente. Makenga a combattu aux côtés des forces rwandaises depuis le milieu des années 1990, mais s'est heurté à plusieurs reprises à leurs commandants, qui le jugent indiscipliné. Il a été arrêté au moins une fois. En 2009, lorsque le Rwanda a conclu un accord avec Kinshasa et fait arrêter Laurent Nkunda, chef du CNDP dont Makenga était commandant de brigade, ce dernier a menacé de se retourner contre Kigali avant d'être raisonné par ses pairs. En 2013, le retrait du soutien rwandais au M23 a provoqué l'effondrement du mouvement et l'exil de Makenga en Ouganda. Ces épisodes ont convaincu la direction du M23 que le Rwanda est un allié circonstanciel susceptible de les abandonner si ses intérêts l'exigent.
Kigali a envisagé de remplacer Makenga mais n'a pas trouvé d'alternative viable. Un officier des FARDC contacté à cet effet a décliné la proposition. Le Rwanda craint par ailleurs les répercussions d'un tel remplacement sur la cohésion des troupes et le moral des combattants, selon le rapport.
Les frictions entre Makenga et le général Baudouin Ngaruye, commandant du premier secteur opérationnel, remontent à la première rébellion de 2012-2013, lorsque le M23 s'était scindé en deux factions rivales autour de Makenga et de Bosco Ntaganda. Ngaruye, alors proche de Ntaganda, avait fui avec lui au Rwanda en mars 2013. Bien que réconcilié avec Makenga lors de son retour dans le mouvement en 2022, Ngaruye a depuis été écarté de son poste de commandant des opérations à Goma pour prendre la tête du secteur nord basé à Rutshuru. Le rapport indique que les deux hommes s'affrontent désormais sur le contrôle des recettes douanières, une rivalité qui s'étend à leurs épouses respectives, en compétition pour le contrôle de flux commerciaux lucratifs. Ngaruye est considéré par Kigali comme un allié plus fiable que Makenga.
La troisième ligne de fracture oppose le M23 à l'AFC, la structure politique créée le 15 décembre 2023 par Corneille Nangaa pour élargir la base du mouvement au-delà de la communauté rwandophone du Nord-Kivu. Nangaa, qui a publiquement affiché l'ambition de renverser le gouvernement de Kinshasa, est décrit comme en rupture ouverte avec Makenga, dont l'objectif prioritaire est la consolidation du contrôle dans l'est du pays. Un épisode illustre ces tensions : lors de l'arrivée de l'ancien président Joseph Kabila à Goma en mai 2025, Makenga aurait été désarmé par les gardes de Kabila et contraint d'attendre plusieurs heures dans une cour, tandis que Nangaa était reçu immédiatement.
Le rapport souligne que ces divisions internes constituent un facteur de risque pour tout processus de paix, rappelant que des fractures similaires avaient conduit à l'éclatement du M23 en 2013 et facilité sa défaite militaire.