Ce "pèlerinage de paix", après une étape en République démocratique du Congo (RDC), est la toute première visite d'un souverain pontife au Soudan du Sud depuis que la nation à prédominance chrétienne a obtenu son indépendance du Soudan à majorité musulmane en 2011 après des décennies de conflit.
La guerre civile qui a fait rage entre 2013 et 2018 a fait 380.000 morts et des millions de déplacés.
Le pape, assis dans un fauteuil roulant, a été accueilli à 14H45 (12H45 GMT) après l'atterrissage de son avion à l'aéroport de Juba par un certain nombre de dignitaires, dont le président du Soudan du Sud, Salva Kiir, fervent catholique, avec qui il doit s'entretenir en tête-à-tête au palais présidentiel.
Des milliers de personnes, certaines agitant des drapeaux, d'autres des branches de margousier, se sont réunies sur la route reliant l'aéroport de Juba et le centre-ville, a constaté un journaliste de l'AFP.
Jorge Bergoglio prononcera dans l'après-midi un premier discours devant les autorités et le corps diplomatique.
Ce déplacement du pape François fait suite à une visite de quatre jours en RDC, en proie dans l'est à une offensive armée de groupes rebelles.
Cette visite - la cinquième de François en Afrique - était initialement prévue pour 2022 mais avait dû être reportée en raison de problèmes au genou du pape.
A Juba, le pape sera accompagné des chefs des Eglises d'Angleterre et d'Ecosse, représentants des deux autres confessions chrétiennes de ce pays de 12 millions d'habitants.
L'Eglise joue un rôle de substitution dans des zones sans aucun service gouvernemental et où les humanitaires sont souvent attaqués, voire tués.
L'ONG Human Rights Watch a exhorté vendredi les dirigeants religieux à faire pression sur les dirigeants du Soudan du Sud pour "régler la crise actuelle des droits humains dans le pays et l'impunité généralisée".
"Je suis très excitée de le voir", a déclaré à l'AFP Hanah Zachariah, 20 ans, parmi les dizaines de pèlerins qui ont marché neuf jours de la ville de Rumbek à Juba, un voyage d'environ 400 kilomètres pour tenter d'apercevoir le pape.
"La venue de Sa Sainteté va entrer dans notre histoire", a assuré de son côté Malek Arol Dhieu, un étudiant en médecine de 29 ans.
En 2019, un an après un accord de paix, François avait reçu les deux frères ennemis au Vatican et s'était agenouillé pour leur embrasser les pieds en les suppliant de faire la paix, un geste symbolique fort qui avait marqué les esprits.
Mais les appels du souverain pontife à la réconciliation n'ont pas été suivis d'effets et la violence perdure.
Jeudi, à la veille de son arrivée, au moins 21 personnes ont été tuées lors d'un vol de bétail dans le sud du pays.
Beaucoup espèrent que ce déplacement va mettre un terme aux affrontements. "Nous avons beaucoup souffert. Maintenant, nous voulons parvenir à la paix", a déclaré Robert Michael, un homme d'affaires de 36 ans, sous l'un des nombreux panneaux d'affichage à Juba accueillant le pape.
Quelque 5.000 policiers et soldats supplémentaires ont été déployés dans les rues, ont annoncé des responsables de la sécurité tandis que vendredi a été décrété férié dans le pays.
Avant son départ, le pape - qui semblait fatigué - a prononcé un dernier discours devant les évêques de RDC. Il les a invités à ne pas se limiter à l'"action politique" pour se concentrer sur le peuple, dans un pays où l'Eglise fait traditionnellement office de contre-pouvoir, au-delà de son rôle clé dans l'éducation, la culture ou la santé.
A Kinshasa, capitale du plus grand pays catholique d'Afrique, le souverain pontife a multiplié les condamnations des violences meurtrières à l'est, appelé les dirigeants à mettre fin à la corruption et les jeunes à être "acteurs" de l'avenir du pays.
Très attendue, cette visite entourée d'une immense ferveur a été marquée mercredi par une séquence chargée d'une vive émotion lors de laquelle François a lancé un "vibrant appel" devant les "cruelles atrocités" perpétrées dans l'est du pays, après avoir entendu les témoignages de victimes.
Le souverain pontife s'est également "indigné" de "l'exploitation, sanglante et illégale, de la richesse" de la RDC, où les violences de groupes armés ont tué des centaines de milliers de personnes et jeté des millions d'autres sur les routes.
AFP avec ACTUALITE.CD